Secretaría de Educación Pública (SEP). Máximo organismo responsable de la política científica y tecnológica. Dentro de sus funciones está el coordinar y fomentar el progreso científico y tecnológico del país.

Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT). Depende de la SEP y colabora con el gobierno en la coordinación, orientación, sistematización y promoción de las actividades científicas y tecnológicas. Su misión específica es impulsar y fortalecer el desarrollo científico y la modernización tecnológica, mediante el fomento de la investigación científica, el apoyo al desarrollo y la modernización tecnológica, la promoción del desarrollo científico y tecnológico regional, el establecimiento de programas de formación de recursos humanos calificados y la difusión de información científica y tecnológica.

El CONACYT coordina los centros de investigación SEP-CONACYT, cuya función principal es realizar investigación científica y desarrollo tecnológico. Asimismo, administra el Sistema Nacional de Investigadores (SNI), que tiene como objetivo brindar apoyo a los investigadores del sector público, privado y universitario, con el fin de estimular la eficiencia y calidad de la investigación.

Subsecretaría de Educación Superior e Investigación Científica (SESIC). Dependiente de la SEP, promueve la actividad de investigación en las instituciones de educación superior, además de asignar los presupuestos de estas instituciones.

Asimismo, existen otros actores que cumplen funciones en el sistema de ciencia y tecnología, entre los que cabe citar:

Consejos y organismos estatales de ciencia y tecnología. Los consejos de ciencia y tecnología de los estados de Baja California, Campeche, Coahuila, Colima, Durango, Guanajuato, Guerrero, Michoacán, Nayarit, Puebla, Querétaro, Quintana Roo, San Luis Potosí, Sinaloa y Tamaulipas constituyen ámbitos en los cuales se discuten y proponen programas y acciones que fomenten la investigación científica y desarrollo tecnológico en los estados, se intercambia información sobre los sistemas de ciencia y tecnología de cada uno y se fomenta la cooperación entre instituciones e investigadores de los estados en temas de interés común. Los consejos estatales carecen de fondos propios para apoyar proyectos de investigación y desarrollo.

Comisiones de Ciencia y Tecnología de las Cámaras de Diputados y Senadores. Se especializan en la elaboración y análisis de las iniciativas legislativas tendientes a promover la investigación científica y el desarrollo tecnológico.

Secretarías públicas. Diversas dependencias públicas comparten distintos grados de responsabilidad en materia de ciencia y tecnología: Secretaría de Energía; Secretaría de Economía; Secretaría de Comunicaciones y Transportes; Secretaría Medio Ambiente y Recursos Naturales; Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación; Secretaría de Salud.

Las leyes más importantes en esta materia son:

- Ley de creación del CONACYT (1970): define todas las atribuciones con las que cuenta este organismo.
- Ley de coordinación y promoción del desarrollo científico y tecnológico (1984): fija procedimientos administrativos y legislativos destinados a promover e instaurar el sistema nacional de ciencia y tecnología.
- Ley de protección a la propiedad industrial (1991): está vinculada en forma subsidiaria al terreno de la ciencia y la tecnología.
- Ley para el fomento de la investigación científica y tecnológica (1999): establece cuál debe ser el papel del gobierno federal en este ámbito, con el fin de impulsar, fortalecer y desarrollar las actividades de investigación. La ley tiene como objetivos principales establecer instrumentos oficiales de apoyo a la investigación científica y tecnológica, implementar mecanismos de coordinación entre los organismos competentes y regular la administración de los fondos destinados al área.

A continuación se consignan algunos de los centros SEP-CONACYT, según su campo de actividades:

Ciencias Exactas y Naturales
- Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (CIAD)
- Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste (CIBNOR)
- Centro de Investigación en Matemáticas (CIMAT)
- Centro de Investigación en Materiales Avanzados (CIMAV)
- Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica (INAOE)

Ciencias Sociales y Humanidades
- Centro de Investigación y Docencia Económicas (CIDE)
- Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS)
- Centro de Investigación en Geografía y Geomática "Ing. Jorge L. Tamayo" (CIGGET)

Desarrollo Tecnológico
- Centro de Investigación y Asesoría Tecnológica en Cuero y Calzado (CIATEC)
- Centro de Ingeniería y Desarrollo Industrial (CIDESI)
- Centro de Investigación y Desarrollo Tecnológico en Electroquímica (CIDETEQ)
- Centro de Investigación en Química Aplicada (CIQA)

Entre las universidades públicas que se dedican a la investigación se destacan:

- Universidad Nacional Autónoma de México
- Universidad Autónoma Metropolitana
- Instituto Politécnico Nacional

En el sector privado, las actividades de I+D son realizadas por los centros de las empresas nacionales, de las sociedades instaladas en México, de las universidades privadas y de las instituciones sin fines de lucro.

Unidad de Transferencia de Tecnología de la Secretaría de Economía y la Cámara Nacional de la Industria de la Transformación (Canacintra). Es un sistema con participación privada y pública, que vincula centros de investigación nacionales e internacionales con empresas privadas y proporciona apoyo financiero, legal y comercial para incrementar la competitividad industrial. Existe una UTT ubicada en el Distrito Federal, y son las representaciones de la Canacintra en toda la república las que se encargan de recibir los requerimientos de los industriales de cada región, para remitirlos a su vez a la UTT.

Sistema Integrado de Información sobre Investigación Científica y Tecnológica. Dependiente del CONACYT, reúne información sobre instituciones que ejecutan y financian actividades de ciencia y tecnología en el país, registrando personas físicas (investigadores y tecnólogos), instituciones (centros de investigación y universidades), empresas privadas y proyectos actualmente apoyados por el CONACYT.

Programa de Vinculación entre la Universidad y la Industria. Busca intensificar los intercambios entre las instituciones de investigación y desarrollo y el sector privado. Entre las instituciones que prestan servicios a la industria se encuentran varias universidades e institutos de investigación, dentro de los cuales destacan la Universidad Nacional Autónoma de México y los centros SEP-CONACYT.

Registro CONACYT de Consultores Tecnológicos. Su objetivo principal es sancionar la calificación técnica de los asesores por medio de evaluaciones hechas por expertos y mediante la aplicación de normas internacionales.