Las universidades y centros de investigación, por su parte, ejecutan y coordinan las actividades de I+D realizadas en el sector académico. El sector privado empresarial participa de forma incipiente en las actividades científicas y tecnológicas del país: su accionar se centra en laboratorios de control de calidad que realizan pruebas y muestreo de productos.

El marco institucional de la ciencia y tecnología consta de los siguientes instrumentos legales:

- Decreto ejecutivo 5-95: creación del CONICYT.
- Decreto 14-2002: reforma del Decreto 5-95.
- Acuerdo presidencial 205-2002: nombramiento de los miembros del CONICYT.
- Decreto ejecutivo 71-98: reglamento a la Ley 290 de Organización, Competencia y Procedimientos del poder ejecutivo.
- Ley N° 225: sobre metrología (y su reglamentación).
- Ley N° 219: sobre normalización técnica y calidad (y su reglamentación).
- Ley N° 354: sobre patentes de invención, modelos de utilidad y diseños industriales (y su reglamentación).
- Ley N° 312: sobre derechos de autor y derechos conexos.
- Ley N° 380: sobre marcas y otros signos distintivos (y su reglamentación).
- Ley de autonomía de las instituciones de educación superior y sus reformas.

Sector público

- Ministerio de Salud
- Ministerio de Fomento, Industria y Comercio (MIFIC)
- Ministerio Agropecuario y Forestal (MAGFOR)
- Ministerio del Ambiente y de los Recursos Naturales (MARENA)
- Ministerio de Educación Cultura y Deportes (MECD)
- Ministerio de Relaciones Exteriores (MINREX)
- Instituto Nicaragüense de Tecnologías Agropecuarias (INTA)
- Instituto Nicaragüense de Apoyo a la Pequeña y Mediana Empresa (INPYME)

Sector académico

- Universidades Privadas y Publicas
- Instituto Nacional Tecnológico (INATEC)
- Instituto Nacional Forestal (INAFOR)

Sector privado

Asociaciones de industriales, de profesionales, de carácter científico-técnico y asociaciones agropecuarias