- formular y proponer las políticas y estrategias de desarrollo científico y tecnológico;
- articular los esfuerzos científicos y tecnológicos que se realizan en el país;
- asesorar a los poderes del Estado en los aspectos relacionados con la investigación y las aplicaciones científicas y tecnológicas;
- fortalecer la infraestructura científica y tecnológica, priorizando la utilización racional de recursos naturales, humanos y financieros;
- promover la transformación tecnológica de la estructura productiva en sectores económicos claves;
- coordinar y evaluar los programas en que colaboren organismos internacionales o estados extranjeros;
- coordinar los programas de becas e intercambio de estudiantes;
- racionalizar la gestión y aplicación de recursos públicos y privados destinados a I+D;
- administrar el programa y los fondos de apoyo a la I+D y la capacitación de recursos humanos.

El CONACYT está compuesto por diez consejeros, en representación de las siguientes instituciones:

- Secretaría Técnica de Planificación de la Presidencia de la República
- Ministerio de Industria y Comercio, a través del Instituto Nacional de Tecnología y Normalización
- Ministerio de Agricultura y Ganadería
- Universidades estatales
- Universidades privadas
- Unión Industrial Paraguaya
- Asociación Rural del Paraguay
- Federación de la Producción, la Industria y el Comercio
- Asociación de Pequeñas y Medianas Empresas
- Centrales sindicales

Fondo Nacional de Ciencia y Tecnología (FONACYT). Ente del CONACYT responsable del financiamiento de proyectos y actividades de ciencia y tecnología.

Organismo Nacional de Acreditación (ONA). Órgano del CONACYT encargado de asegurar la transparencia en la implementación de sistemas de evaluación, de acuerdo con las normas vigentes a nivel mundial. Entre sus tareas están la acreditación de organismos de certificación e inspección, laboratorios de ensayos y calibración, y organismos de entrenamiento de personal.

- Universidad Nacional de Asunción: facultades de Ciencias Físicas y Matemáticas, Ciencias Médicas, Ciencias Químicas, Ciencias Agrarias, Ciencias Veterinarias, Ciencias Exactas y Naturales, Derecho y Ciencias Sociales, Filosofía, Politécnica, Instituto de Investigación en Ciencias de la Salud, Centro Nacional de Computación, Departamento de Desarrollo de Investigación, Centro Multidisciplinario de Investigaciones Tecnológicas.

- Universidad Católica Nuestra Señora de la Asunción: facultades de Filosofía y Ciencias Humanas, Ciencias y Tecnología, Ciencias Jurídicas y Diplomáticas, Centro de Tecnología Apropiada, Centro de Estudios e Investigaciones de Derecho Rural y Reforma Agraria.

- Universidad del Norte: facultades de Ciencias de la Salud; Ingeniería, Arquitectura y Extensión; Ciencias Jurídicas, Humanas y Administrativas.

- Universidad Autónoma de Asunción

- Universidad Autónoma de Luque

- Universidad Autónoma del Paraguay

- Universidad Nacional de Itapúa

- Universidad Nacional de Pilar

- Universidad Nacional del Este

Sector gubernamental

Los siguientes organismos públicos desarrollan actividades asociadas a la I+D y la formación de recursos humanos:

- Ministerio de Agricultura y Ganadería (Dirección de Protección Pecuaria; Dirección de Investigación y Producción Animal; Servicio Nacional de Salud Animal; Instituto Agronómico Nacional; Dirección de Investigación Agrícola)
- Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social (Instituto Nacional de Alimentación y Nutrición; Laboratorio Central de Salud Pública; Instituto de Medicina Tropical; Instituto Nacional del Cáncer; Servicio Nacional de Saneamiento Ambiental; Instituto Nacional de Salud)
- Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones
- Ministerio de Educación y Cultura
- Secretaría del Ambiente
- Consejo Nacional de Telecomunicaciones
- Entidad Binacional Itaipú (laboratorios electro-electrónico y químico)
- Entidad Binacional Yacyreta

Organismos no gubernamentales

- Alter Vida
- Base ECTA
- CEDES/Hábitat
- Centro de Estudios del Medio Ambiente del Paraguay
- Centro de Estudios Regionales Interdisciplinarios
- Centro de Tecnología Apropiada
- Fundación Physis
- Sociedad de Análisis de Estudios y Proyectos
- Sociedad de Estudios Rurales y Cultura Popular